Die Europäische Sumpfschildkröte ist in der Schweiz, Österreich und Deutschland vollständig geschützt. Sie darf weder gefangen, noch freigesetzt werden. Fremde Arten wie die Rotwangen-Schmuckschildkröte aus Nordamerika sollten in den heimischen Gewässern auf keinen Fall ausgesetzt werden, da sie die einheimischen Sumpfschildkröten konkurrieren können.

Die Europäische Sumpfschildkröte reagiert sehr empfindlich auf Beeinträchtigungen in ihrem Lebensraum, deshalb kann man sie auch als „Leitart“ betrachten, deren Vorkommen viel über den Zustand der Verbindung zwischen Feuchtgebieten und ihrem Umfeld aussagt. Auf der Roten Liste der Schweiz von 1982 wurde die Europäische Sumpfschildkröte als ausgestorben bezeichnet, bis fast zwanzig Jahre später einzelne Tiere wiederentdeckt wurden, die möglicherweise noch heimisch waren. Inzwischen haben genetische Studien aber gezeigt, dass mit hoher Wahrscheinlichkeit keine ursprünglich einheimischen Tiere mehr in der Schweiz leben. In der Roten Liste Österreichs wird die Europäische Sumpfschildkröte als vom Aussterben bedroht eingestuft. Die letzte heimische Population lebt in den Donauauen östlich von Wien und wird auf einige hundert Exemplare geschätzt. Größtes Gefährdungspotenzial ist neben Lebensraumverlust die Vermischung der Population mit entkommenden Sumpfschildkröten anderer Länder. Dadurch verliert die heimische Population unter anderem die Anpassung an unsere Klimazone.

Wichtig bei der Förderung der Sumpfschildkröte ist die Erhaltung des Lebensraums (Feuchtgebiete) und der Eiablageplätze. Eine besondere Wichtigkeit kommt der Vernetzung dieser zwei Lebensräume zu.